Trước đây, Đông Phú là một xã thuộc huyện Châu Thành, tỉnh Cần Thơ cũ.

Ngày 26 tháng 11 năm 2003, Quốc hội thông qua Nghị quyết số 22/2003/QH11 chia tỉnh Cần Thơ cũ thành thành phố Cần Thơ thuộc trung ương và tỉnh Hậu Giang[2]. Theo đó, các ấp Phú Thành, Phú Thạnh, Phú Thuận, Phú Thuận A và một phần ấp Phú Lợi của xã Đông Phú thuộc địa giới hành chính thành phố Cần Thơ; phần còn lại của xã Đông Phú thuộc tỉnh Hậu Giang.

Ngày 2 tháng 1 năm 2004, Chính phủ ban hành Nghị định 05/2004/NĐ-CP[3]. Theo đó, thành lập phường Tân Phú thuộc quận Cái Răng, thành phố Cần Thơ trên cơ sở 806,66 ha diện tích tự nhiên và 6.386 nhân khẩu của xã Đông Phú (phần diện tích, dân số đã điều chỉnh về thành phố Cần Thơ).

Xã Đông Phú còn lại 1.775,98 ha diện tích tự nhiên, dân số là 9.136 người.[4]